Dagens Svartbäcken är inte det område som under medeltiden och fram till 1800-talet kallades "Svartabek", utan begränsades av Fyrisån, nuvarande Svartbäcksgatan och Skolgatan.

Vattendraget Svartbäcken var stadsgräns mot norr. Från 1920-talet har den ett underjordiskt lopp under staden.

Namnet Svartbäcken syftar på det mörka, dyiga vattnets färg.

Där Svartbäcken mynnar ut vid Fyrisåns östra sida fanns en gång i tiden Uppsala sim- och badinrättning.

Den äldst omnämnda av de medeltida Uppsalastadsdelarna är Svartbäcken och förekommer första gången i skrift redan år 1305. Då vittnar en Gödeke från Svartbäcken på tinget om Uppsala.